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Open position for computer scientists

We are looking for a figure with a Masters degree in computer science / informatics or a Master of Science with a strong affinity for software development. The activity will focus on the integration of workflows and data management tools from different disciplines in the Life Sciences to achieve synergistic approaches to the analysis and distribution of scientific data. A specific activity will be making structural biology data FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), in agreement with the principles of the European Open Science Cloud (https://www.eosc-portal.eu/).

The present vacancy is in the context of a large collaboration involving the thirteen largest infrastructures in the Life Sciences, from genomics to structural biology, drug development and clinical trials. This project, called EOSC-Life, is funded by the European Commission until the end of February 2023. The proposed contract will be strictly linked to the EOSC-Life project, with the same duration and a net monthly salary starting at 2000 euro, depending on experience.

In general we are looking for people with the following competences.

    A scientific Masters degree
    A strong affinity with software development
    Eager to constantly learn and improve yourself
    Knowledge of current computer scientific developments
    Ability to express yourself and work on a scientific level

You will be involved in DevOps and supporting new and existing systems, using tools such as Galaxy to create web-accessible interfaces, and various task runners and testing frameworks. Experience with the development of computational platforms for the biological or medical sciences is highly appreciated.

Applications can be sent to: rosato(AT)cerm.unifi.it

 

Bandi per incarichi presso il CIRMMP

  • Avviso n. 10 del 9 settembre 2019: Assistente alla Ricerca. Scadenza 23/09/2019 oer 10:00
  • Avviso n. 9 del 5 settembre 2019: Assistente alla Ricerca. Scadenza 23/09/2019 ore 10:00 - AVVISO del 23/09/2019: si comunica che, stante l'impossibilità di valutare in tempo utile le domande pervenute, la decorrenza del contratto slitterà al 15/10/2019
  • Avviso n. 8 del 1 agosto 2019: Sviluppo di metodologie NMR per lo studio, in metalloproteine, di struttura, dinamica, interazioni proteina-proteina, trasporto e trasferimento di metalli. Sacdenza 16/08/2019 ore 10:00
  • Avviso n. 7 del 23 luglio 2019: Disegno, implementazione e test di interfacce di gestione di dati e calcolo in ambiente cloud e/o distribuito basate su Galaxy o altri workflow manager simili. Scadenza 3/09/2019 ore 10:00
  • Avviso n. 6 del 18 luglio 2019: Assistente alla Ricerca. Scadenza 29/07/2019 ore 10:00
  • Avviso n. 5 del 12 giugno 2019: Attività di ricerca metabolomica nell'ambito del Prgetto TIMONE “Trattamenti innovativi in pre-frangitura delle olive per il miglioramento delle caratteristiche organolettiche e delle proprietà nutraceutiche dell’olio”. Scadenza 26 giugno 2019 ore 10:00
  • Avviso n. 4 del 16 aprile 2019: Disegno, implementazione e test di interfacce di gestione di dati e calcolo in ambiente cloud e/o distribuito basate su Galaxy o altri workflow manager simili. Scadenza 15 maggio 2019 ore 10:00
  • Avviso n. 3 del 28 marzo 2019: supporto all’ufficio amministrativo, Scadenza 05/04/2019 ore 10:00
  • Avviso n. 2 del 7 marzo 2019: Sviluppo di programmi software e inferfacce web per l’analisi di dati sperimentali NMR e di rilassometria. Scadenza 18/03/2019 ore 10:00
  • Avviso n. 1 del 27 febbraio 2019: Development of NMR pulse sequences and data analysis software for the analysis of the NMR spectral data of biologically active molecules nell’ambito del progetto “Information Technology: The Future of Cancer Treatment (ITFoC) (CUP B92F16000830008). Scadenza 12/03/2019 ore 10:00
  • Avviso n. 14 del 14 novembre 2018: Espressione, purificazione e caratterizzazione di proteine umane e loro complessi coinvolti nella biogenesi dei cluster Fe-S tramite spettroscopia NMR ed EPR nell’ambito del progetto “Sviluppo di metodologie integrate per le scienze sperimentali” (PROGETTI  COMPETITIVI - FFO 2017, CUP B96C18000320008) Scadenza 29/11/2018 ore 10:00
  • Avviso n. 13 del 12 novembre 2018: Studi cinetici di inibizione dell’enzima ammoniaca monoossigenasi per applicazioni agro-ambientali nell’ambito del progetto di ricerca: Discovery of novel inhibitors for ammonia monooxygenase. Scadenza 21/11/2018 ore 10:00
  • Avviso n. 12 del 15 ottobre 2018: Applicazione della metabolomica tramite NMR per lo studio e la caratterizzazione sia di campioni biologici che di matrici alimentari nell’ambito del progetto di ricerca “Sviluppo di metodologie integrate per le scienze sperimentali” (PROGETTI COMPETITIVI - FFO 2017, CUP B96C18000320008). Scadenza 30/10/2018 ore 13:00
  • Avviso n. 11 del 11 ottobre 2018: Preparazione di campioni cellulari adatti a studi di in-cell NMR; produzione di linee cellulari di mammifero geneticamente ingegnerizzate per l’espressione di proteine per caratterizzazione mediante in-cell NMR; purificazione di proteine da colture batteriche nell’ambito del progetto “Sviluppo di metodologie integrate per le scienze sperimentali” (PROGETTI COMPETITIVI - FFO 2017, CUP B96C18000320008). Scadenza 26/10/2018 ore 10:00
  • Avviso n. 10 del 11 ottobre 2018:Disegno, implementazione e test di interfacce di gestione di dati e calcolo in ambiente cloud e/o distribuito basate su Galaxy o altri workflow manager simili per facilitare lo scambio e l’integrazione di dati di diverse infrastrutture nell’ambito dei progetti “Infrastructure for NMR, EM and X-ray crystallography for translational research” (iNEXT GA n. 653706, CUP B92I15000850006) e “Providing an open collaborative space for digital biology in Europe” (EOSC-Life GA n. 824087, CUP B96C18000830006). Scadenza 15/12/2018 ore 13:00
  • Avviso n. 9 del 10 ottobre 2018: Attività di ricerca riguardante l’acquisizione e l’analisi di dati sperimentali di risonanza magnetica nucleare in soluzione e allo stato solido per la caratterizzazione strutturale di sistemi biomolecolari nell’ambito del progetto “Sviluppo di metodologie integrate per le scienze sperimentali” (PROGETTI COMPETITIVI - FFO 2017, CUP B96C18000320008). Scadenza 25/10/2018 ore 10:00
  • Avviso n. 8 del 10 ottobre 2018: Manutenzione, aggiornamento, sviluppo e assistenza nell’uso di strumenti computazionali innovativi per la gestione e l’analisi di dati di biologia strutturale nell’ambito del progetto “Integrating and managing services for the European Open Science Cloud” (EOSC-hub GA n. 777536, CUP B93C17000140006). Scadenza 25/10/2018 ore 10:00
  • Avviso n. 7 del 10 ottobre 2018: contratto a tempo determinato part-time (38 ore settimanali) nell’ambito del progetto “Sviluppo di metodologie integrate per le scienze sperimentali” (progetti competitivi - FFO 2017, CUP B96C18000320008). Scadenza 25/10/2018 ore 10:00
  • Avviso n. 6 del 21 marzo 2018: Studi di inibitori dell’ureasi basati sul catecolo e suoi derivati. Scadenza 21/03/2018 ore 10:00
  • Avviso n. 5 del 8 marzo 2018: contratto a tempo determinato part-time (34 ore settimanali). Scadenza 26/03/2018 ore 10:00
  • Avviso n. 4 del 8 marzo 2018: Utilizzo di tecniche di biologia molecolare per l’espressione e la purificazione di proteine di interesse farmacologico e della loro modifica mediante reazioni di bioconiugazione (Progetti competitivi - FFO2016, CUP B92F17000450008). Scadenza 26/03/2018 ore 10:00
  • Avviso n. 3 del 10 gennaio 2018: Sintesi di molecole solfonammidiche solubili in acqua: messa a punto di sintesi di piccole molecole per la funzionalizzazione di materiali polisaccaridici nell’ambito del progetto di ricerca: “Sviluppo di metodologie NMR per le scienze sperimentali (Progetti competitivi - FFO2016, CUP B92F17000450008). Scadenza 24/11/2018 ore 10:00
  • Avviso n. 2 del 10 gennaio 2018: Produzione e caratterizzazione di proteine e loro complessi coinvolte nella biogenesi dei cluster Fe/S tramite Risonanza Magnetica Nucleare, cristallografia a Raggi X e EPR (Electron Paramagnetic Resonance) nell’ambito del progetto “Sviluppo di metodologie NMR per le scienze sperimentali (Progetti competitivi - FFO2016, CUP B92F17000450008). Scadenza 24/11/2018 ore 10:00
  • Avviso n. 1 del 10 gennaio 2018: Sviluppo di esperimenti EPR utilizzando lo spettrometro Q-Band CW/FT EPR recentemente installato nell’infrastruttura CERM/CIRMMP, nodo Italiano di INSTRUCT-ERIC (progetto INSTRUCT-ULTRA, GA n. 731005, CUP B92F16000730006). Scadenza 24/11/2018 ore 10:00
  • Avviso n. 13 del 28 novembre 2017: Studi cinetici di inibizione dell’enzima ureasi per applicazioni agro-ambientali nell’ambito del progetto di ricerca: Discovery of Novel Catechol-Carrying Urease Inhibitors. Scadenza 11/12/2017 ore 10:00
  • Avviso n. 12 del 13 novembre 2017: Contratto a tempo determinato part-time (35 ore settimanali) nell'ambito del progetto H2020 Propag-Ageing. Scadenza 27/11/2017 ore 10:00
  • Avviso n. 11 del 08 settembre 2017: Contratto a tempo determinato part-time (38 ore settimanali) nell'ambito del progetto H2020 West-Life. Scadenza 22/09/2017 ore 10:00
  • Avviso n. 10 del 08 settembre 2017: Contratto a tempo determinato part-time (38 ore settimanali) nell'ambito del progetto H2020 West-Life. Scadenza 22/09/2017 ore 10:00
  • Avviso n. 9 del 11 luglio 2017: Contratto a tempo determinato part-time (32 ore settimanali) nell'ambito del progetto iNEXT. Scadenza 21/07/2017 ore 10:00
  • Avviso n. 8 del 11 luglio 2017: Contratto a tempo determinato part-time (32 ore settimanali) nell'ambito del progettoWest-life “World-wide E-infrastructure for structural biology”. Scadenza 21/07/2017 ore 10:00
  • Avviso n. 7 del 23 giugno 2017: Attività di ricerca sull’uso di dati NMR per la caratterizzazione strutturale di sistemi biomolecolari. Scadenza 05/07/2017 ore 10:00
  • Avviso n. 6 del 15 giugno 2017: Studi molecolari relativi all’assemblaggio di “clusters” Fe-S nell’apparato proteico risultante essenziale alla maturazione di proteine citosoliche umane contenenti “clusters” [4Fe-4S]. Scadenza 03/07/2017 ore 10:00
  • Avviso n. 5 del 26 maggio 2017: Contratto a tempo determinato part-time (34 ore settimanali)-sostituzione maternità. Scadenza 12/06/2017 ore 10:00
  • Avviso n. 4 del 13 aprile 2017: Clonaggio, espressione e purificazione dell’isoforma 4 della troponina T e dell’enzima AMP-deaminasi da muscolo di coniglio nell’ambito del progetto di ricerca: “Studio dell’interazione di troponina T (isoforma 4) da muscolo di coniglio con Zn(II) e Co(II) e della sua interazione con l’enzima AMP-deaminasi tramite spettroscopia XAS e cristallografia di raggi-X”. Scadenza 28/04/2017 ore 10:00
  • Avviso n. 3 del 22 marzo 2017: Studi cinetici di inibizione dell’enzima ureasi per applicazioni agro-ambientali nell’ambito del progetto di ricerca: Discovery of Novel Catechol-Carrying Urease Inhibitors. Scadenza 3/04/2017 ore 10:00
  • Avviso n. 2 del 17 gennaio 2017: Caratterizzazione di proteine coinvolte nella patogenesi della malattia di Alzheimer mediante un approccio multidisciplinare integrato nell’ambito del progetto di ricerca: Disfunzione dei canali ionici HCN nella malattia di Alzheimer (progetto finanziato dalla Fondazione Cariplo - project reference 2014-0796). Scadenza 30/01/2017 ore 10:00  -  AVVISO del 31/01/2017: si comunica che, stante l'impossibilità di valutare in tempo utile le domande pervenute, la decorrenza della borsa slitterà al 15/02/2017
  • Avviso n.1 del 3 gennaio 2017: Sintesi di molecole multifunzionali per l’inibizione dell’enzima ureasi nell’ambito del progetto di ricerca: Discovery of novel catechol-carrying urease inhibitors. Scadenza 18/01/2017 ore 12:00
  • Avviso n.12 del 15 Novembre 2016: Produzione di proteine isotopicamente marcate adatte alla ricerca nel campo della biologia strutturale in soluzione. Dovranno essere ottimizzati i protocolli di clonaggio e di espressione delle proteine selezionate per aumentarne la resa di produzione e ottenerle in una forma strutturale corretta e funzionale. Scadenza 30/11/2016 ore 10:00
  • Avviso n.11 del 15 Novembre 2016: Sviluppo metodi per l'acquisizione e l'analisi di dati strutturali, e loro integrazione con altre tipologie di dati biochimici e biomedici. Scadenza 30/11/2016 ore 10:00
  • Avviso n.10 del 15 Novembre 2016: Sviluppo di strumenti informatici per l’implementazione di pipeline automatiche per la gestione e l’analisi di dati provenienti da tecniche d’indagine nel campo della biologia strutturale. Scadenza 30/11/2016 ore 10:00
  • Avviso n. 9 del 15 Novembre 2016: Analisi computazionale di dati metabolomici. Raccolta di dati metabolomici, utilizzando la risonanza magnetica nucleare come tecnica analitica, per testare i workflow e l'ambiente di calcolo del progetto PhenoMeNal. Scadenza 30/11/2016 ore 10:00
  • Avviso n. 8 del 14 Settembre 2016: Sviluppo di modelli computazionali per lo studio di complessi con proteine nell’ambito del progetto di ricerca PROPAG-AGEING “The continuum between healthy ageing and idiopathic Parkinson Disease within a propagation perspective of inflammation and damage: the search for new diagnostic, prognostic and therapeutic targets”. Scadenza 29/09/2016 ore 10:00
  • Avviso n. 7 del 28 luglio 2016: "Acquisizione e analisi di dati NMR di proteine, isotopicamente arricchite in 15N e 13C/ 15N, coinvolte nella patologia dell’Alzheimer e studio delle loro caratteristiche strutturali e dinamiche via NMR; analisi dell’interazione di complessi proteina-proteina e proteina-legante via NMR e utilizzo dei dati sperimentali per ottenere modelli strutturali tramite specifici softwares.". Scadenza 19/08/2016 ore 10:00
  • Avviso n. 6 del 28 luglio 2016: "Propagazione e conservazione colture cellulari in adesione; over-espressione di proteine in cellule umane; stima over-espressione; preparazione campioni per in-cell NMR; ottimizzazione metodologie in-cell NMR e in-organello NMR; acquisizione spettri in-cell NMR; analisi spettri ottenuti.". Scadenza 19/08/2016 ore 10:00
  • Avviso n. 5 del 25 luglio 2016: "Personale di Segreteria - Sostituzione per maternità". Scadenza 10/08/2016 ore 10:00
  • Avviso n. 4 del 21 giugno 2016: "Implementazione, manutenzione, aggiornamento della infrastruttura grid e cloud del CIRMMP". Scadenza 11/07/2016 ore 12:00
  • Avviso n. 3 del 9 giugno 2016: "Determinazione delle cinetiche di inibizione dell’enzima ureasi con molecole basate sul catecolo e suoi derivati nell’ambito del progetto di ricerca: Discovery of novel catechol-carrying urease inhibitors". Scadenza 20/06/2016 ore 12:00
  • Avviso n. 2 del 15 aprile 2016: "Implementazione di un sistema di gestione per la qualità conforme alla norma UNI EN ISO 9001 ed in riferimento ai requisiti della norma UNI CEI EN ISO/IEC 17025". Scadenza 29/04/2016 ore 10:00
  • Avviso n. 1 del 19 gennaio 2016: "Sviluppo di analoghi di metaboliti potenziali nuovi marcatori tumorali". Scadenza 28/01/2016 ore 12:00
  • Avviso n. 14 del 31 dicembre 2015: "Raccolta di campioni di liquidi biologici da pazienzi arruolati nello studio e processamento degli stessi per analisi di metabolomica". Scadenza 12/01/2016 ore 12:00
  • Avviso n. 13 del 29 dicembre 2015: "Ricognizione dello stato dell’arte nei protocolli pre-analitici, strumentali e per l’analisi statistica e bioinformatica dei dati ottenuti nel campo della metabolomica di fluidi biologici via NMR". Scadenza:11/01/2016 ore 12:00
  • Avviso n. 12 del 29 dicembre 2015: "Applicazione di metodi di dinamica molecolare di proteine e metalloproteine in ambiente grid e/o cloud computing". Scadenza: 11/01/2016 ore: 12:00
  • Avviso n. 11 del 22 dicembre 2015: "Sviluppo di nuovi protocolli per l’applicazione di metodologie NMR di stato solido alla caratterizzazione di proteine di membrana". Scadenza: 8/01/2015 ore 12:00
  • Avviso n. 10 del 9 dicembre 2015: "Sviluppo e applicazione di metodi innovativi per l’analisi di esperimenti NMR di metabolomica". Scadenza: 22/12/2015 ore 12.00
  • Avviso n. 9 del 9 dicembre 2015: "Metodi di dinamica molecolare di proteine e metalloproteine in ambienti di calcolo GRID/CLOUD". Scadenza: 22/12/2015 ore 12.00

 

 Link alle graduatorie finali

Archivio Bandi anni precedenti

Documentazione:

Fac-simile domande:

 

 

Il CERM ricerca laureati per ricerche su:

1) Studi NMR di frontiera su struttura e dinamica di biomolecole allo stato solido
2) Information Technology applicata alla bioinformatica

Possibilità di inquadramento nel Dottorato Internazionale di Biologia Strutturale. Per candidarsi inviare il proprio CV a: doctoratetomtecerm.unifi.it

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Applications can be submitted continuously: All received applications are collected and screened as a new position becames available. 

To apply send an e-mail to SBdoctoratetomtecerm.unifi.it including CV and 2 names for references.